จุดประสงค์ของการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ฯ เพื่อที่เป็นศูนย์รวบรวมความรู้ด้านต่างๆ ทางพระพุทธศาสนา โดยมีเป้าหมายที่จะให้เป็น “พิพิธภัณฑ์แห่งพุทธปัญญา” ดังนั้นเนื้อหาที่จัดแสดง จำเป็นต้องครอบคลุมด้านสำคัญๆ ดังนี้

1. ความรู้เกี่ยวกับพระพุทธเจ้าตั้งแต่ก่อนการประสูติ จนกระทั่งปรินิพพาน (โซน A, B, C, D) (โซน 1)

2. ความรู้เกี่ยวกับพระธรรมและพระศาสนา (โซน 2, 5, 9, 10 และ 11) โดยเฉพาะพระพุทธเจ้าตรัสรู้อะไร? (อริยสัจสี่)

3. ความรู้เกี่ยวกับพระสงฆ์ (โซน 3, 7, 8 และ 12) - 80 มหาสาวก และ 20 สมเด็จพระสังฆราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ - 18 เกจิอาจารย์ และ 29 พระอรหันต์

4. ความรู้เกี่ยวกับหลักธรรมคำสอนทางด้านปริยัติ (ทฤษฎี) (โซน 2, 5 และ 9)

5. ความรู้เกี่ยวกับหลักธรรมคำสอนทางด้านปฏิบัติ (ปฏิบัติ) (โซน 3, 10 และ 12)

6. ความรู้เกี่ยวกับ “สวรรค์-นรก” หรือสังสารวัฏ 31 ภูมิ หรือภูมิที่ต้องมีการเวียนว่ายตายเกิด (โซน 5)
- ทำไมจึงไปนรกหลังความตาย? ทำไมจึงจะได้ไปสวรรค์หลังความตาย? รวมเรียกว่า “โลกียภูมิ”

7. ต้องปฏิบัติอย่างไร จึงจะไม่ต้องไปนรก แต่ได้ไปเกิดบนสวรรค์ หรือบนพรหมโลก (โซน 5)

8. ความรู้เกี่ยวกับ “โลกุตตรภูมิ” ภูมิที่ไม่ต้องกลับมาเวียนว่ายตายเกิด (โซน 5, 9, 10 และ 11)

9. ต้องปฏิบัติอย่างไร จึงจะได้ไป “โลกุตตรภูมิ” (โซน 5, 9, 10, 11 และ 12)

10. จุดมุ่งหมายสำคัญที่สุดของพระพุทธศาสนาคืออะไร? (โซน 5, 9, 10, 11 และ 12)

ความรู้ทั้ง 10 เรื่องข้างต้น คือเป้าหมายของการศึกษาพระพุทธศาสนาของพิพิธภัณฑ์จรรโลงพุทธศาสนา เพื่อให้บรรลุเป้าหมายของการเป็น